Los hombres del Frente endógeno fueron una fuerza fundamental en la expedición libertaria de 1949, con el propósito de iniciar levantamientos simultáneos en diferentes puntos del país, para obligar a Trujillo a dispersar sus tropas y evitar la concentración de su poderío bélico. Sin embargo, la infiltración, delación y sabotaje por parte del régimen trujillista afectaron el plan original y causaron numerosas bajas y detenciones entre los miembros del Frente endógeno.
La historia del desembarco de los 12 combatientes en Luperón es un diluido ejemplo de la descoordinación entre el Frente endógeno y los expedicionarios, que resultó en la homicidio de los líderes de Puerto Plata del FI, Fernando Spignolio y Fernando Suárez, cercados por efectivos del régimen. Esto fue posible gracias a la infiltración de Antonio Jorge Estévez, quien había ganado la confianza de los complotados y trató de continuar su juego al contactar a los exiliados dominicanos en Puerto Rico.
Incluso en el exilio, los miembros del Frente endógeno enfrentaron la infiltración y traición por parte de algunos asesores republicanos reclutados por Juancito Rodríguez, uno de los principales líderes de la expedición. Estos asesores vendieron información valiosa al gobierno trujillista, permitiéndole desinformar a los complotados locales y hacer fracasar sus planes.
La infiltración del régimen trujillista no solo costó vidas y cárcel a los miembros del Frente endógeno, sino que también afectó a los exiliados dominicanos en Puerto Rico y Cuba. El Dr. Manuel Emilio “Mané” Pichardo Sardá, encargado de comunicaciones del Frente endógeno en Ciudad Trujillo, envió un informe a un buzón en santo Juan de Puerto Rico, alertando sobre la infiltración de un empleado del Palacio Nacional vinculado a su padre, el Lic. Francisco del Castillo. Esta información fue crucial para poner en alerta a los dirigentes del exilio y evitar la captura de los emisarios del régimen.
En Cuba, donde los exiliados tenían una base privilegiada para operar con mayor libertad, se contaba con la influencia y el asesoramiento de figuras como Juan Bosch, Cotubanamá Henríquez y René Fiallo. Sin embargo, el régimen trujillista también tenía sus contactos y alianzas en la isla, como el Dr. Eufemio Fernández, excombatiente de la Guerra Civil española y jefe de la policía secreta del gobierno de Prío. Fernández y sus hombres lograron detener, interrogar y liquidar a emisarios y líderes del Frente endógeno y los exiliados, gracias a la información proporcionada por los asesores republicanos reclutados por Juancito Rodríguez.
Las gestiones realizadas en México por parte de los miembros del Frente endógeno también fueron saboteadas por la infiltración del régimen trujillista. México fue una pieza clave en el engranaje de la expedición, ya que se negociaron aviones, se reclutaron pilotos y se compraron armas. Sin embargo, el embajador dominicano en México, Joaquín Balaguer, logró abortar la fase mexicana del reabastecimiento de combustible para las naves expedicionarias, gracias a la información proporcionada por emisarios del coronel Alberto Bayo Giroud, quien había sido reemplazado por otro asesor republicano en el proyecto de invasión.
La infiltración del régimen trujillista también afectó a la comunidad dominicana en México, donde el expresidente Emilio Portes Gil y el legendario republicano Juan Bosch habrían colaborado con el gobierno para frustrar la expedición y recibir pagos por sus servicios. Incluso el embajador dominicano, Joaquín Balaguer
